Основной задачей центра является профилактика инфекционных и массовых неинфекционных заболеваний среди населения Северска, предупреждение, обнаружение, пресечение вредного воздействия на здоровье человека факторов среды обитания в условиях функционирования Сибирского химического комбината, являющегося крупнейшим в мире предприятием атомной промышленности.